Störfälle im ältesten Atomkraftwerk Frankreichs sind, das ist seit langem bekannt, eher die Regel als die Ausnahme. Auch an den allgemeinen Sicherheitsstandards des Meilers, der nur knapp 10 Kilometer Luftlinie von Breisach entfernt liegt, in Punkto Erdbebensicherheit und Schutz vor Terroranschlägen bestehen Zweifel. In diesem Jahr wurde der greise Reaktor aus den Jahren 1976 und 1978 der 10- Jahres- Prüfung, einer Art Routinecheck für Kernkraftwerke durch die französische Behörde für Atomaufsicht (ASF), unterzogen. Bereits vor der Prüfung hatten die Betreiber eifrig nachbessern müssen, da klar war, dass mit den bekannten Mängeln selbst die Inspektion, die der Bund für Umwelt- und Naturschutz (BUND) ohnehin als bloße „Scheinkontrolle“ bezeichnet, nicht bestanden werden würde.
Im schwedischen Atomkraftwerk Forsmark war es aufgrund eines ähnlichen Vorfalls im Jahr 2006 zu einer Beinahe- Katastrophe gekommen, da der Reaktor wegen des Ausfalls der Elektronik für geraume Zeit außer Kontrolle geraten war. Den letzten größeren Störfall in Fessenheim gab es im Dezember 2009. Durch angesaugtes Treibgut aus dem Rheinseitenkanal war die Kühlwasserzufuhr unterbrochen worden, so dass ein Reaktorblock wegen drohender Überhitzung notabgeschaltet wurde.
Auch im Normalbetrieb hat das benachbarte AKW erheblichen Einfluss auf die Umwelt, insbesondere auf den Rhein. Auf bis zu 30° darf das Rheinwasser durch Kühlwassereinleitung aus dem Kraftwerk aufgeheizt werden. Jedoch besteht bereits ab einer Wassertemperatur zwischen 23° und 25° eine erhebliche Beeinträchtigung für die Fischfauna. Während deutsche Kraftwerksbetreiber die Kühlwassereinleitung bereits ab einer Wassertemperatur von immerhin 28° Celsius unterlassen müssen, darf in Fessenheim noch um zwei Grad weiter angeheizt werden. Die augenblicklichen Temperaturen samt Trockenheit tun ein Übriges. Die Betreiberfirma des Reaktors, der französische Stromkonzern EDF, hat, trotz bekannter Mängel und Pannenserien eine Laufzeitverlängerung auf 40 Jahre und damit bis zum Jahr 2017 für Fessenheim gefordert. Gegen dieses Anliegen kämpfen zahlreiche Umweltschutzverbände, so auch der im Jahr 2005 gegründete Trinationale Atomschutzverband (TRAS), der die Interessen der schweizerischen, französischen und deutschen Rheinanlieger bündelt.